du hast dich doch eh schon entscheiden.
nach meinen erfahrungen würde ich immer die kleinere firma nehmen weil mir das geld eher egal ist, die arbeit muss spaß machen. (kann ja auch in der großen so sein)
urlaubsgeld und weinachtsgeld hat erstmal nix zu sagen das können auch peanuts sein und arbeitskleidung muss man sowieso stellen.
zeitkonten? was ist das?
ich hatte bisher immer gleitarbeitszeit ohne abrechnung wird wohl sowas sein.
meine erfahrung mit großen firmen: unflexibel was urlaub angeht, urlaub muss am jahresanfang zum größten teil eingereicht sein und auch sonst eher unflexibel was persönliche wünsche angeht.
in kleineren firman hat man eher die möglichkeit sich zu entfalten,d.h. eigene vorstellungen durchzusetzen.
15 oder 30km sind jetzt nicht soo der unterschied. bedenke aber beim gehalt, dass wenn du mit dem auto pro tag 60km fährst, dich nur der arbeitsweg MINDESTENS! 10euro kostet. da schmelzen 60 euro netto ganz fix mal zusammen 
wenn du dich also eher als zahnrad im getriebe siehst und arbeitest um geld zu verdienen... weißte schon.
und wenn du dich verwirklichen willst: weißte auch...
was ist denn "schlechterer ruf"?
und für mich sind (neben den kilomterkosten) auch die fahrZEIT interessant.
für 10km in der stadt brauchste länger als für 30km übers land....